A los indios los trataban como “bestias de labor”. Eran obligados a llevar un sello en el rostro el cual era grabado con un hierro candente. Una vez marcado, al indio se le podía vender como mercancía. La situación de explotación y esclavitud se agravó en 1534, al ser nombrado Gobernador de Nicaragua, Rodrigo de Contreras, yerno de Pedrarias Dávila.
Fue un gobierno tan tiránico que despojó a los indios de todas sus pertenencias, incluyendo sus hijos. Tuvo el apoyo de su esposa María de Peñalosa, sus hijos Hernando y Pedro, su yerno Pedro de los Ríos, éstos con los más allegados se repartieron a los indios y sus bienes. En 1545 Fray Antonio de Valdivieso es nombrado Obispo de Nicaragua, inicia una lucha frontal en contra de la corrupción a favor de los pobres.
Escribe una serie de cartas en las que denuncia la explotación contra los indios. En una de ellas dice: “En efecto, los mismos alcaldes de las ciudades, villas y lugares son los mayores tiranos, usando prisioneros y tormentos crueles contra ellos. Y son los que más agravios, crueldades e injusticias les hacen porque pueden más, pues están en la misma ceguera que los otros”.
Sus denuncias provocan que Contreras sea destituido y llevado a España pero queda como Gobernador Interino su yerno Pedro de los Ríos. Según señala el P. José Álvarez Lobo OP: “A partir de este momento empieza a sentir lo duro que es oponerse a los poderosos. Recibe amenazas, no le pagan, la audiencia no hace caso a sus justas demandas, los sacerdotes se le marchan porque la vida en Nicaragua es más cara que en otras partes y no tiene con qué pagarles, las autoridades no sancionan a los delincuentes, no muestran ningún interés por defender a los nativos, lo insultan cuando los trata de ayudar”.
El 26 de febrero de 1550, Miércoles de Ceniza, después de oficiar misa y almorzar, Fray Antonio de Valdivieso, en la Casa Cural, jugaba ajedrez con Fray Alonso de Montenegro, cuando se apareció una turba encabezada por los hermanos Contreras. Luego de insultarlo, Hernando Contreras, lo atacó armado de una espada y una daga. Cayó el Obispo mortalmente herido y poco después falleció. Eran parte del grupo Juan Bermejo y el Fraile Pedro de Castañeda.
Una serie de desastres naturales causan serios daños en la ciudad. En 1578 se produce la erupción del Volcán Momotombo. Para 1582 la población disminuye al extremo que el obispo se retira a Managua que es apenas una aldea de pescadores. El 11 de enero de 1610 un terremoto hace que se decida el día 19 abandonar la ciudad. La creencia popular atribuye todos estos desastres al asesinato del obispo Valdivieso.
En las labores de excavación fueron encontrados unos restos en la Catedral de León Viejo. La Comisión Dictaminadora concluyó el 8 de febrero del año 2001 que correspondían a Fray Antonio Valdivieso, también se identificaron los de los obispos Diego Álvarez de Osorio y Francisco de Mendevia. En cuanto a los asesinos, éstos huyeron a Panamá, donde se internaron en la selva. Sus restos nunca fueron encontrados.